إن عملية زراعة الشعر مثلها مثل جميع العمليات الجراحية تتم تحت تأثير التخدير، هذا التخدير يكون من خلال إبر أو أجهزة تخدير خاصة، قد تشعر ببعض الألم جراء عملية التخدير إلا أنك ستكون مرتاحاً طوال فترة العملية، أي أن ألم العملية سيقتصر على لحظات معدودة أثناء فترة التخدير، وهذا الألم يكون نسبياً حيث تختلف عتبته من شخص لآخر.